La guerra de los Siete Años terminó en 1763. Los tratados de paz que pusieron fin a la Guerra de los Siete Años representaron una victoria para el Reino de Gran Bretaña y el Reino de Prusia. Francia devuelve a Gran Bretaña la isla de Menorca,​ invadida durante la contienda, y le entrega sus posesiones en la India a excepción de cinco plazas. En América le cede Canadá, los territorios al este del río Misisipi (excepto Nueva Orleans), Isla de Cabo Bretón, Dominica, Granada, San Vicente y Tobago.​ Gran Bretaña obtiene de España la Florida, las colonias al este y sureste del Misisipi. España obtiene de Francia la Luisiana y de Gran Bretaña la devolución del puerto de La Habana y de la ciudad de Manila, ocupadas durante la guerra.

La historiografía ha analizado la cuestión de la devolución de La Habana inglesa dándole mayor preponderancia a los factores económicos, políticos y militares. El heterogéneo y dividido protestantismo inglés tuvo un punto de conflicto frente al catolicismo, con una población criolla que profesaba en su gran mayoría la religión católica.

Desde fines del siglo XVII y a lo largo del XVIII, se produjo en Cuba la formación y desarrollo de una Iglesia básicamente criolla que se reflejaba en la composición mayoritaria del clero y la profundidad de sus nexos con el conjunto social insular. En este proceso se configuró un sistema de relaciones fundamentalmente en el clero regular.

Esta Iglesia criolla existente en Cuba manejó valiosas redes sociales de contactos entre los miembros de la élite de poder que le permitía acumular un capital de naturaleza diferente al económico, un capital de tipo social con el que entrelazaban sus intereses.

La Orden de Nuestra Señora de Belén atendió durante los enfrentamientos armados a muchos heridos tanto criollos como españoles y la comunidad decidió fundir algunas campanas de bronce para la construcción de varios cañones para defender su ciudad.

Cuando en 1762 los británicos desembarcaban en la rendida urbe habanera, se encontraron frente a una urdimbre de nexos y una creciente estructura religiosa católica fomentada unos años atrás por el obispo Pedro Agustín Morell de Santa Cruz y de Lora (1753-1768).

En su proyección, este escenario sentaba las bases de un gran esfuerzo moralizador que debía comenzar por el clero, con la dignificación del culto en iglesias adecuadas y bien dotadas junto a la creación y protección de hospitales que garantizaran la atención de los enfermos. En los dominios británicos la competencia entre diversas colonias por atraer inmigrantes, muchos de ellos perseguidos religiosos, dio un impulso adicional a las tendencias fragmentarias que siempre habían sido inherentes al protestantismo.

En las colonias inglesas se estableció una amalgama protestante, en especial el anglicanismo, además del metodismo y el presbiterianismo junto a otras denominaciones.

Aunque en los dominios coloniales británicos la Iglesia Anglicana era la oficial, esta no poseía la estructura jerárquica necesaria para imponer uniformidad religiosa en las poblaciones de las colonias. En tierras norteamericanas las colonias pertenecían a una determinada confesión y, en concreto, los anglicanos gozaban de estatus confesional en Virginia, Maryland, Nueva York, las Carolinas y Georgia y los puritanos calvinistas eran especialmente poderosos en Massachusetts y Connecticut.

Esta tolerancia religiosa que había florecido en las colonias inglesas como único modo de convivencia de las diversas heterodoxias religiosas impulsó la ampliación de la libertad religiosa. La Corona inglesa tenía un control muy relativo sobre las colonias de América del Norte, fundamentalmente porque estas se habían desarrollado gracias a la iniciativa privada de compañías mercantiles, de grupos religiosos deseosos de alejarse del anglicanismo oficial o de personajes influyentes que habían logrado que el rey les cediese la explotación de una colonia.

La América protestante, se presentaba en clara divergencia con la América católica, en la cual se producía un elevado grado de conformidad religiosa mantenida por un muy amplio y cohesionado aparato eclesiástico, y una continua y estrecha alianza entre la Iglesia y el Estado.

En la América británica el influjo del capitalismo y del liberalismo se hacía sentir, los colonos de Nueva Inglaterra que formaron parte de la “gran emigración” establecieron en ultramar sociedades que reflejaban fielmente los valores culturales y los comportamientos económicos y sociales de las comunidades de donde procedían originalmente.

En la rendición de la ciudad se sumó la errónea medida de ordenarle que abandonara la ciudad con todo el clero regular y secular. El 8 de junio de ese año partía el obispo hacia Santiago de las Vegas seguido por todas las comunidades religiosas de la ciudad.

Una vez establecido en el lugar, distribuyó a las monjas y frailes en distintas haciendas donde pudiesen mantenerse. Acto seguido, Morell conminó a luchar contra el enemigo y “hereje inglés” a todos los labriegos de la comarca. Los clérigos recorrieron los campos de orden suya, “escitando (sic) á todos los milicianos y gente útil á armarse contra los invasores”.

Ese patriotismo tenía como fuerte núcleo ideológico el catolicismo que daba unidad espiritual al mundo hispano frente al agresivo incursionismo de los anglosajones. Una vez rendida La Habana, el primer enfrentamiento se produjo entre el obispo y el teniente coronel Samuel Cleveland, comandante de la artillería británica, producto de una carta que este último le dirigió al primero y a los señores curas de La Habana. En esta misiva, de 19 de agosto de 1762, el oficial británico exigía, que se diera cuenta de todas las campanas de “las iglesias, conventos y monasterios, como también de los ingenios de azúcar”.

El enfrentamiento religioso terminó con la expulsión de Morell de Santa Cruz por Decreto del Conde Albermarle de 3 de noviembre por haberse negado a las diversas exigencias de dinero, al llamado derecho de campanas, al envío de una relación de los templos, conventos y monasterios y los eclesiásticos de su diócesis, manteniendo abiertamente su oposición a satisfacerlas o presentando dificultades que retardaran o dificultaran su cumplimiento.

El desarrollo del conflicto hace evidente que Albemarle fue aumentando sus exigencias, sobre todo las monetarias, con la abierta pretensión de llevarlo a una provocación del obispo para que pudiese dar un paso en falso que le obligara, ya sin alternativas, a expulsarle de su diócesis.

La ocupación se extendió durante casi un año, y además de traer un activo comercio con Gran Bretaña, las 13 colonias de Norteamérica y Jamaica, provocó en lo religioso una conexión y una reevaluación de estos territorios.

En territorio filipino el día 3 de noviembre de 1762 fue incautado y vendido en pública subasta el convento de San Pablo de los agustinos de Manila. La plata labrada incautada, que se pesó en la casa de los Hermanos de la Misericordia, llegó a los 62.500 marcos castellanos, es decir 14.378 Kg. Además, los ingleses se incautaron 90.000 pesos en dinero efectivo, parte del cual pertenecía a algunas obras pías. Además, se apropiaron de la biblioteca del convento, cuyos libros se vendieron al por menor, y de la farmacia, que estaba tasada en 20.000 pesos. Se llevaron también los dos órganos del coro y los archivos del convento.

De esta forma a la Corona británica no le resultaba conveniente aumentar los creyentes católicos poniendo en riesgo la necesaria estabilidad ideológica y la aplicación de su política colonial en el contexto americano.

Estos argumentos estuvieron presentes en el Tratado de París de 1763, viniendo a reforzar la decisión sobre la repartición de territorios con la devolución de La Habana, aunque el anglicanismo cedió frente al catolicismo obedeciendo a una lógica de motivaciones militares, económicas y políticas.